La Base élèves a vocation à enregistrer tous les enfants, dès leur entrée à l’école sur la base d’un numéro informatique (l’identifiant national élève) qui le suivra durant toute sa scolarité. Il est important de préciser qu’un autre logiciel dénommé SCONET existe déjà dans le second degré et pourrait fusionner avec Base élèves.

Le comité des droits de l’enfant de l’ONU du 12 juin 2009 s’est prononcé à ce sujet. Il a ainsi déclaré que :
« - Les objectifs de cette base de données et son utilité pour le système éducatif n’étant pas clairement définis, le Comité est préoccupé par l’utilisation de cette base de données à d’autres fins telles que la détection de la délinquance et des enfants migrants en situation irrégulière et par l’insuffisance de dispositions légales propres à prévenir son interconnexion avec les bases de données d’autres administrations.
Enfin, le Comité est préoccupé de ce que les parents ne peuvent pas s’opposer et ne sont souvent pas informés de l’enregistrement de leurs enfants et pourraient en conséquence être réticents à inscrire leurs enfants à l’école.

Rappelant la recommandation faite par le Comité des Droits de l’Homme, le Comité demande à l’Etat de prendre toutes les mesures nécessaires pour garantir que la collecte, le stockage et l’utilisation de données personnelles sensibles soient compatibles avec les obligations qui lui incombent en vertu de l’article 16 de la Convention des droits de l’homme » .

Par ailleurs, un recours a été déposé devant le Conseil d’Etat qui n’a pas encore rendu sa décision.
L’Etat français n’a pas répondu au comité des droits de l’enfant de l’ONU qui s’inquiète des risques de croisement de fichiers.
En conséquence, le conseil d’Ecole de la maternelle / l’élémentaire … … … … … … … … … de (villle) … … … … … … … … …, réuni le … … … … s’associe aux craintes du comité des droits de l’enfant de l’Onu, désapprouve la mise en place du fichier Base élève et soutient toutes les actions s’opposant à sa mise en place.